*般常用的熏蒸用消毒劑包括甲醛、過氧化氫、二氧化氯等，甲醛雖然成本為低廉，但因其致癌作用已經越來越受到使用限制，而且做過甲醛熏蒸的人大多會頭痛不已，因為要將整個安全柜用塑料布封閉起來、計算需要的消毒劑用量、布置生物指示劑、中和消毒劑、等待漫長的十幾小時等，擔心的恐怕還是甲醛的泄漏，以及生物挑戰實驗的成敗等安全問題。
　　
　　現在有*種新的方法可傳統的甲醛熏蒸，既采用過氧化氫蒸汽對生物安全柜進行消毒，通常發生器通過*個噴射接口與主艙體連接，已經有部分型號的安全柜此接口，同時有門封板將前面的操作口進行密封。如果這兩個配置都沒有的話，可以使用*個臨時的門封板，并且已經預裝好了合適的連接接口，將其安裝在前面操作口上，通過門封上的接口將過氧化氫蒸汽噴入生物安全柜內。
　　
　　通常蒸汽回路連接于安全柜排風過濾器的后面，當然確切的連接類型和位置取決于帶消毒的生物安全柜的型號。在更換過濾器或對安全柜進行維護時，這種連接會推送過氧化氫蒸汽穿過安全柜的排風過濾器并將其消毒。
　　
　　只對主艙體進行消毒也是可行的，可以用于準備下*個實驗前殺滅艙內及工作臺下面的所有微生物，避免交叉污染。這種方案相比對主過濾器消毒循環時間變短，使用的過氧化氫也更少。
　　
　　所有的生物安全柜都有或多或少的氣體泄漏，為了確保過程的安全，過氧化氫發生器可以保持*個不大的負壓狀態，保證在滅菌過程中過氧化氫蒸汽不會從艙體泄漏到實驗室。這個功能是在消毒前通過在門封板上安裝連接*個小型壓力控制管來獲得。
　　
　　
　　
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