如今的微電腦控制時代，生物潔凈安全柜的控制系統用于監控安全柜的各項操作數值，及時發現任何故障和誤操作，以聲光警報通知用戶采取措施，并自動采取相應的聯鎖安全措施。系統帶有溫度補償功能的流速傳感器，可以測定真實的氣流流速，包括進氣流、下沉氣流和外排氣流；LCD液晶顯示屏實時顯示氣流流速/流量。對氣流流速過低或不安全前窗高度，系統都會發出聲光警報。

　　在開始工作以前以及完成工作以后，應至少讓安全柜工作5min來完成凈化過程，亦即應留出將污染的空氣排出安全柜的時間。生物潔凈安全柜需要有相應的預熱和關機程序，并可由用戶根據實際需要自主設定時間。硬件故障智能診斷系統可以提示故障信息。擁有管理員密碼功能，防止非授權人員修改參數和非法操作。

　　帶有計時器的“安全失效控制系統”可以使生物潔凈安全柜的電子控制硬件在故障的情況下也不破壞其安全性能。在失效時，生物安全柜將自動重新啟動并將各項參數設定在安全范圍內。在操作面板上調控所有的功能時，也可以通過一個RS232電腦接口來設定參數、更新控制軟件和故障分析。

　　“風機時間計時器”可用來對生物潔凈安全柜的實際使用時間計時，便于監控ULPA濾器的工作時間，便于及時更換。

　　“紫外燈時間計時器”用來計時紫外燈的工作時間，便于及時更換。特殊的維修模式可以用于維修目的，其可以繞過安全柜所設定的參數、控制及鎖定功能，所有的輸入和輸出參數都可以觀察用于故障分析。

　　在我國現有的國情下，很難做到每年的技術校檢，因為存在不小的費用，所以安裝報警十分重要，可以及時提醒操作者，如果風速低了，可以維修或者更換，及時的預防樣品的污染和對操作者的健康危害。